Lawan dari Sepanyol itu membawa kelebihan tipis menjelang perlawanan kedua minggu depan walapun jurang di antara kedua-dua pasukan amat ketara sepanjang separuh pertama perlawanan itu.
Manu Trigueros dan Raul Albiol meneremui jaringan untuk skuad kendalian Unai Emery berkenaan memberikan ancaman terhadap bekas majikannya sepanjang babak pertama tetapi The Gunners mempamerkan aksi berbeza selepas waktu rehat.
Biarpun Dani Ceballos dibuang padang, Bukayo Saka memenangi sepakan penalti yang kemudian disempurnakan Nicolas Pepe untuk Arsenal merapatkan jurang pada minit ke-73.
Villarreal kemudian kehilangan Etienne Capoue sebelum pemain yang kembali diturunkan Arsenal, Pierre-Emerick Aubameyang, memperoleh peluang untuk menyamakan kedudukan dalam waktu kecederaan tetapi dihalang penjaga gol tuan rumah, Geronimo Rulli.
"Kami tidak mahu datang ke sini untuk tewas tetapi dengan cara perlawanan ini berjalan, dan ketinggalan 0-2 dengan 10 pemain, anda perelu menerima keputusan ini," kata Arteta kepada BT Sport.
"Jika anda perlu kalah, ini adalah keputusan terbaik yang anda boleh terima tetapi ia dua separuh masa yang berbeza."
10 - Arsenal have had 10 players sent off in 80 games in all competitions under Mikel Arteta, twice as many as any other Premier League club since the Spaniard's first game in charge in December 2019. Discipline. #UEL
— OptaJoe (@OptaJoe) April 29, 2021
Arsenal terhutang budi kepada penjaga gol, Bernd Leno, ketika ketinggalan 0-2, di mana pemain Jerman itu menafikan percubaan berbahaya Gerard Moreno.
Ketika Emery menjadi bekas pengurus Arsenal pertama menewaskan The Gunners sejak George Graham melakukannya ketika membimbing Tottenham memperoleh kemenangan 2-1 di White Hart Lane pada November 1999, pertemuan itu menjadi amat seimbang menjelang perlawanan kedua di Stadium Emirates.
Villarreal melepasi 15 daripada 16 perlawanan timbal balik dalam kejohanan utama Eropah apabila memenangi perlawanan pertama -- satu-satunya kegagalan mereka adalah ketika separuh akhir Liga Europa musim 2015-16 di mana mereka disingkirkan Liverpool biarpun memenangi perlawanan pertama.
Mengenai aksi menyelamat gemilang Leno ke atas percubaan Moreno, Arteta menambah: "Dia amat bagus ketika kami memerlukannya pada kedudukan 0-2. Percubaan yang dilakukan Gerard sudah pasti peluang terbesar yang dimiliki mereka.
"Dia menyelamatkan kami tetapi pada akhirnya, kami memiliki peluang besar daripada Auba dan kami tidak dapat menyudahkannya."