Thompson merakam lima di bawah par 66 pagi tadi untuk mengikat pendahulu, Werenski (67), di TPC Twin Cities di Blaine, Minnesota, dengan catatan terkumpul 12 di bawah par.
Tony Finau (66) dan Talor Gooch (65) pula terikat di kedudukan ketiga.
Selepas menamatkan Kejohanan Memorial di tempat kelapan, Finau melakar eagle, empat birdie dan bogey.
Atlet Amerika Syarikat (AS) itu kemudian menghasilkan pukulan ajaib untuk menghasilkan eagle dari jarak 81 ela di lubang keenam untuk melakar lima pukulan di bawah par.
Finau from the fairway!@TonyFinauGolf holes out to move to -9.#QuickHits pic.twitter.com/Oz90FtsKOv
— PGA TOUR (@PGATOUR) July 24, 2020
Sementara itu, Koepka gagal mara buat kali kedua dalam tiga kejohanan.
Pemain nombor enam dunia itu melakar 71 par untuk mengakhiri cabarannya dengan satu di bawah par, tetapi terlepas untuk layak ke pusingan akhir hujung minggu ini kerana terlebih satu pukulan.
Koepka hanya mampu meraih kedudukan 10 teratas dalam lima kejohanan lalu sejak Jelajah PGA kembali ekoran terganggu dengan penularan COVID-19.
Pemain China, Zhang Xinjun (67), berada di kedudukan kelima dengan catatan 10 di bawah par, satu pukulan di depan juara bertahan, Matthew Wolff (68) dan pemain Australia, Cameron Davis (66), disusuli Bo Van Pelt (68), Charl Schwartzel (68), Patrick Rodgers (68) dan Nick Watney (69) yang mencatat lapan pukulan di bawah par.