Johnson, yang memenangi gelaran Masters buat pertama kalinya pada November lalu, mencatat tiga di atas par 75 pada hari kedua saingan bagi mengumpul lima pukulan atas par untuk terlepas kemaraan dengan dua pukulan.
Pemain nombor satu dunia, Johnson, membuat tiga bogey dalam empat lubang terakhirnya selepas mempamerkan persembahan mengagumkan di Augusta dalam pusingan awal untuk menguasai kedudukan 10 teratas dalam lima penampilan terakhirnya.
Dia melakar empat birdie di sembilan lubang awal tetapi melakukan dua bogey dan double bogey di lubang kelima.
Johnson muncul juara Masters ketiga dalam 15 tahun kebelakangan ini yang gagal melepasi kelayakan itu.
"Tiga putt dari enam kaki dalam dua pusingan, ia tidak boleh dilakukannya," katanya.
"Jelas saya tidak menghayunkannya dengan kuat tetapi tolakan saya cukup baik.
"Saya tidak beraksi terlalu buruk tetapi tiga putt itu membunuh saya. Kalau ia tidak berlaku maka saya akan mencatat satu pukulan di bawah par. Itu agak berbeza."
Jejak pemain berusia 36 tahun itu akan dituruti pemenang empat trofi utama, Koepka, di samping pemenang Masters 2017, Garcia, yang merakamkan 72 di atas par untuk menamatkan saingan dengan empat di atas par.
Leaderboard thru 36 holes at #theMasters:
— PGA TOUR (@PGATOUR) April 9, 2021
1. @JustinRose99 -7
T2. @WillZalatoris -6
T2. @HarmanBrian
T4. @MarcLeish -5
T4. @JordanSpieth
T6. @BWiesberger -4
T6. @TonyFinauGolf
T6. @JustinThomas34
T6. @Cameron__Champ
T6. Si Woo Kim
T6. Hideki Matsuyama
Pemenang utama empat kali, McIlroy (74), dan naib juara Masters dua kali, Lee Westwood (71), juga gagal meneruskan cabaran selepas gagal pulih daripada kempen buruk hari pertama di Augusta itu.
Di hujung papan pendahulu yang lain, Rose melepaskan satu tembakan dari Will Zalatoris dan Brian Harman selepas pusingan kedua 72, setelah diketuai oleh empat tembakan pada hari pembukaan.