Pemain berusia 25 tahun itu menyertai Chelsea dengan kontrak €50 juta (RM241.6j) daripada RB Leipzig menjelang musim 2020-21.
Dia mengharungi kempen sulungnya yang sukar dalam bola sepak Inggeris, namun penyerang serba boleh itu masih mampu merakamkan 12 gol selain menjadi tunjang kelab London berkenaan di samping Tammy Abraham.
Selepas pada awalnya kehilangan tempat dalam pasukan musim ini berikutan kehadiran Romelu Lukaku, Werner mula menjadi taruhan kesebelasan utama dalam tiga perlawanan domestik terakhir.
Dengan mencetak dua gol dan satu bantuan jaringan daripada lapan penampilan, Flick tetap gembira dengan penampilan Werner di peringkat kelab.
"Setiap orang harus bertanggungjawab dan menunjukkan inisiatif mereka sendiri," katanya dalam sidang media menjelang kelayakan Piala Dunia berdepan Romania awal pagi esok.
"Mengenai perkembangan Timo di Chelsea: Dia amat berpuas hati.
"Namun, Chelsea tentu bukannya sebuah pasukan yang mudah untuk diwakili. Kai Havertz juga mengalaminya. Ia pasukan terbaik dan berkualiti.
"Itulah sebabnya kerjaya profesional bermaksud anda harus melalui liku-liku seperti ini."
Jerman telah meledak 12 gol tanpa dibolosi di bawah kendalian Hansi Flick dan Werner merupakan sebahagian daripada nadi Jerman dalam usaha mereka mengukuhkan kedudukan teratas Kumpulan J, kelayakan Piala Dunia.
Jerman memenangi tiga perlawanan pertama kelayakan mereka di bawah tunjuk ajar jurulatih baru itu dengan membenam Liechtenstein, Armenia dan Iceland, bulan lalu.
Lantas, menjulang Flick sebagai ketua jurulatih kedua Jerman yang memenangi ketiga-tiga perlawanan tanpa melepaskan gol selepas Joachim Low.
Tumpuan mereka akan beralih kepada kunjungan ke Romania yang kebal dalam tiga perlawanan terakhir mereka.
"Romania merupakan sebuah pasukan yang ingin bermain bola sepak," kata Flick.
"Mereka kental dalam tiga perlawanan terakhir apabila tidak melepaskan gol.
"Kami harus berusaha kuat dan memberi tekanan kepada pihak lawan.
"Semua pemain kami cergas dan sihat jadi kami gembira. Kami mempunyai beberapa pilihan untuk mengisi setiap posisi, jadi kami memiliki banyak pilihan. Kami mempunyai kualiti yang sangat baik dalam skuad ini.
"Suasananya bagus sambil pemain muda dapat menyesuaikan diri dan kami telah menjalani sesi latihan dengan hebat."
Flick turut mengesahkan bahawa Antonio Rudiger dan Niklas Sule akan mengetuai pertahanan mereka.