Pendahulu LaLiga itu tewas 0-1 di San Mames, di mana Alex Berenguer muncul penjaring tunggal pada minit ke-89 untuk membawa Athletic ke separuh akhir.
Ia dilihat sebagai misi balas dendam yang berjaya buat barisan bimbingan Marcelino berkenaan selepas mereka tewas 0-2 kepada Madrid dalam final Supercopa de Espana bulan lalu -- Benzema menjaringkan gol kedua dalam perlawanan itu.
Los Blancos terpaksa turun ke Basque tanpa ayam tambatan mereka itu, yang masih belum pulih daripada kecederaan paha dialaminya ketika terikat 2-2 dengan Elche.
Dengan ketiadaan Benzema, yang menjaringkan 24 gol daripada 28 perlawanan musim ini, Madrid hanya dapat melakukan dua percubaan tepat ke gawang Athletic.
Ancelotti mengakui keputusannya untuk tidak terburu-buru menurunkan Benzema mengakibatkan pasukannya kurang menyengat di bahagian serangan.
"Kami kecewa kerana kami mahu memenangi segala-galanya. Saya tidak fikir ia akan menjejaskan kami. Saya hanya berharap ia akan menjadikan kami lebih kuat," katanya tentang kekalahan itu seperti yang dipetik Marca.
"Kami tidak mempunyai pemain dengan kualiti seperti Karim. Kami tidak mengubah perancangan. Kami cuba bermain dari bawah dan tidak dapat melakukannya. Athletic memberikan tekanan dengan amat baik sehingga minit ke-70.
"Saya fikir kami akan berkelebihan jika perlawanan diheret ke masa tambahan tetapi mereka menjaringkan gol pada minit terakhir.
"Kami bermain terlalu banyak di bahagian sayap. Kami sepatutnya lebih menggunakan (David) Alaba dan Casemiro. Ia tidak berlaku seperti yang kami harapkan.
"Ia bukan perlawanan terburuk musim ini. Ia setara sehingga ke penghujung. Saya tidak terkejut dengan keputusan perlawanan ini," katanya.
Madrid seterusnya akan berdepan Granada dalam aksi LaLiga hujung minggu ini.