Aubameyang disahkan positif COVID-19 pada 6 Januari lalu yang meminggirkannya daripada aksi pembukaan Kumpulan C berdepan Comoros.
Pada mulanya dia dijangka akan kembali beraksi untuk perlawanan menentang Ghana yang berakhir 1-1 memandangkan pemain itu sendiri bercakap kepada media sehari sebelum perlawanan sebaik habis dikuarantin.
Tetapi khidmatnya masih tidak dapat diketengahkan atas alasan perubatan selepas Konfederasi Bola Sepak Afrika (CAF) mengenal pasti masalah jantungnya -- kerosakan atau perubahan tidak normal di bahagian tisu -- dalam satu ujian kesihatan.
Walaupun ia tidak serius, Gabon telah menentukan tindakan terbaik adalah menghantar Aubameyang dan pemain tengah Nice, Mario Lemina, yang didiagnosis sama selepas turut dijangkiti pandemik itu agar kembali ke kelab bagi rawatan susulan.
Satu kenyataan berbunyi: "Persekutuan Bola Sepak Gabon memutuskan untuk melepaskan Pierre-Emerick Aubameyang dan Mario Lemina kembali kepada kelab masing-masing supaya mereka dapat menjalani pemeriksaan yang lebih terperinci."
Aubameyang kembali ke Arsenal dengan masa depannya di kelab itu terumbang-ambing.
Penyerang itu telah dilucutkan jawatan sebagai kapten pada bulan lalu selepas dilaporkan pulang lewat dari perjalanan ke luar negara, dan dia kemudiannya dipinggirkan daripada kesebelasan utama.
Dia belum lagi terbabit dalam sebarang perlawanan sebelum dibenarkan melaporkan diri lebih awal untuk AFCON sambil pengurus kelab, Mikel Arteta, mendedahkan permintaan persekutuan itu diterima memandangkan Aubameyang tidak akan beraksi ketika mereka menghadapi Manchester City pada awal bulan ini.